Se você estiver usando mod_php, você pode substituir os valores que você deseja no httpd.conf. Existem estas diretivas de módulo:
php_value - PHP Value Modifier
php_flag - PHP Flag Modifier
php_admin_value - PHP Value Modifier (Admin)
php_admin_flag - PHP Flag Modifier (Admin)
Se não, sua melhor chance é o PHP FPM (google it).