Assim como o problema de arquivos abertos que geralmente faz com que o espaço livre seja mantido indisponível, um problema não incomum são os arquivos protegidos por pontos de montagem. Por exemplo, se você tiver /tmp como um volume lógico separado, mas ainda tiver arquivos no diretório /tmp no sistema de arquivos raiz, esses arquivos estarão consumindo espaço, mas ficarão ocultos pela montagem.
Tente usar o modo de usuário único na inicialização para não haver nada em execução que possa manter as montagens abertas, desmontar tudo e garantir que não haja arquivos ocultos nos diretórios normalmente usados como pontos de montagem.