Meu palpite seria:
-
O
pecl install mongoestá realmente instalando um binário pré-construído (o que seria muito burro, mas não seria tão surpreendente); ou - Você ainda tem o pacote
php5-devantigo da sua instalação 5.3 disponível, epeclestá localizando e usando isso em vez da versão 5.4. Dê uma olhada na sua lista de pacotes relacionados ao PHP (dpkg -l '*php*') e veja se ainda há algum pacote 5.3 e atualize-o.