A degradação da velocidade é esperada conforme o número de arquivos acessados simultaneamente aumenta. As unidades de disco rígido não gostam de ser acessadas em paralelo: toda vez que o cabeçote de leitura / gravação precisa alternar os cilindros, você perde vários milissegundos. Mesmo se dois arquivos estiverem no mesmo cilindro, ou mesmo na mesma faixa, talvez você ainda precise aguardar uma rotação para passar de um para outro. Se você medir o desempenho da unidade em megabits por segundo, espere que ela diminua exponencialmente à medida que o acesso paralelo aumenta.
fsck
não ajudará com isso: repara apenas danos à estrutura de diretórios, não realiza otimização.
A solução ideal seria mudar para armazenamento em estado sólido, uma vez que não tem nenhuma das limitações físicas dos pratos giratórios. Mas isso é provavelmente proibitivo em termos de custos.
A próxima melhor seria usar um RAID otimizado para acesso paralelo. Tenha em mente que os RAIDs podem ser configurados para muitos perfis de desempenho diferentes, portanto, você precisará dedicar algum tempo para aprender as configurações de qualquer hardware e drivers RAID.
Você pode reduzir o problema usando o armazenamento em cache agressivo do sistema de arquivos. Se o seu sistema tem RAM suficiente, o Linux já deve estar fazendo isso bastante bem. Execute um programa como top
para ver quanto de RAM livre existe. Mas se os arquivos mais usados não se encaixarem na RAM (ou qualquer RAM que você possa adquirir), isso não ajudará muito.
A solução alternativa para um pobre homem seria dividir seus arquivos em vários discos rígidos físicos diferentes (não apenas partições diferentes na mesma unidade). Isso não é realmente uma solução escalável de longo prazo e acabaria custando mais do que um RAID decente. Mas pode ser uma solução rápida se você tiver unidades por aí.
Para qualquer solução que envolva discos rígidos, verifique se eles têm uma velocidade de rotação rápida e baixa latência de busca.
Eu escrevi um artigo com algumas informações gerais sobre o desempenho do disco rígido aqui: