Deve ser tão fácil quanto criar uma nova web que aponte para a pasta onde o / mysite está, modificando as propriedades para que ele aceite solicitações com o cabeçalho do host mysite.mydomain.com.
Veja um artigo de technet sobre como configurar o cabeçalho do host:
2 opções:
Se for o único site na máquina que responderá nesse endereço IP, não será necessário configurar nada. A configuração padrão responde a qualquer solicitação no endereço IP associado, independentemente do nome DNS usado para chegar lá.
Se você estiver configurando outros sites com diferentes nomes de host que também estejam no mesmo endereço IP, será necessário configurá-los usando "Cabeçalhos de host". No IIS7, os cabeçalhos de host são definidos na interface Bindings de cada site. Você pode chegar lá facilmente, clicando com o botão direito do mouse no site no snap-in do IIS e escolhendo Edit Bindings . Por padrão, você provavelmente tem 1 entrada para a porta 80 atribuída a um endereço IP curinga. Selecione essa entrada e clique no botão Editar . A nova caixa de diálogo terá uma entrada Nome do host: , onde você poderá codificar em qual nome DNS este site responderá.
Criando subdomínio
abra o gerenciador iis7 crie um novo site, digite qualquer nome para o nome do site e aponte o caminho físico & Endereço IP atribuído ao seu adaptador de rede (a porta deve ser 80) e o nome do host deve ser o nome do subdomínio, como blog.example.com (se o site principal for example.com), aplique ok.
Adicionando entrada de DNS
Abra o DNS das ferramentas do administrador, expanda o nome do computador, expanda a zona de pesquisa direta, clique em example.com (significa seu nome de domínio). No painel à direita, clique com o botão direito na área em branco, clique em novos aliases (CNAME), no nome do alias, digite seu nome de subdomínio, por exemplo, blog. No host de destino do FQDN, digite seu nome de domínio, por exemplo, example.com, clique em OK.
Reinicie o servidor DNS. Você fez com o subdomínio.