Você pode negar o acesso a certos diretórios, dependendo da hora, colocando o seguinte código em seu arquivo .htaccess no diretório que você deseja controlar:
RewriteCond %{TIME_HOUR} ^(13|14|15)$
RewriteRule ^.*$ - [F,L]
As horas baseiam-se em 24 horas por dia (0-23) e cada hora que você deseja negar acesso deve ser separada com um "|".
No exemplo acima, ninguém poderia acessar o diretório de 1 a 3 horas da tarde.