As diferenças técnicas estão bem resumidas neste SlideShare - link
É realmente uma arquitetura / implementação completamente diferente do MySQL padrão, e fundamentalmente fechada.
A Amazon está sendo discreta sobre até que ponto o front-end é um derivado do MySQL ou uma reescrita completa que é compatível com o protocolo - veja link - mas parece provável que seja pelo menos um fork principal com muitos novos códigos. Ele terá diferentes bugs dos principais releases do MySQL, que os usuários confiarão na Amazon para corrigir. Um back-end de banco de dados transacional distribuído é uma coisa complexa para escrever, e embora a Amazon tenha alguns dos melhores engenheiros do mundo para esse tipo de sistema, ainda é bastante nova.
Ele conta com um back-end de armazenamento de multilocação totalmente novo e específico da Amazon, e o software atualizado não está disponível gratuitamente como código-fonte aberto; portanto, você não pode simplesmente fazer o download e executá-lo em seus próprios servidores. Pode divergir ao longo do tempo (por exemplo, anos) em termos de recursos funcionais suportados, o que significa que o código desenvolvido contra o Aurora pode não funcionar mais contra versões mainstream do MySQL, oferecendo um risco de aumento de bloqueio na Amazon.
Independentemente disso, especialmente se o seu aplicativo precisar deles, o desempenho, o baixo atraso de replicação, a escalabilidade e as reduções de tempo de recuperação sobre o MySQL padrão parecerão bastante atraentes no curto prazo. O lock-in e os custos são certamente muito menores do que com, por exemplo, o Exadata da Oracle - que é realmente a classe de solução que a Amazon está direcionando.