php 5.3 foi encaixado para obter um melhor rastreamento de e-mail, mas não tenho certeza se isso aconteceu. (editar: sim, o php 5.3 possui logging embutido agora - o php.ini tem a variável de configuração mail.log, que registra o uso do correio a partir do código php.)
Nós resolvemos o problema fazendo do sendmail um script de shell wrapper.
No php.ini, configure um novo mailer. Por exemplo:
sendmail_path = /usr/local/bin/sendmail-php -t -i
O script sendmail-php simplesmente usa o registrador para obter informações e, em seguida, chama o sendmail do sistema:
#!/bin/bash
logger -p mail.info -t sendmail-php "site=${HTTP_HOST}, client=${REMOTE_ADDR}, script=${SCRIPT_NAME}, filename=${SCRIPT_FILENAME}, docroot=${DOCUMENT_ROOT}, pwd=${PWD}, uid=${UID}, user=$(whoami)"
/usr/sbin/sendmail -t -i $*
Isto irá logar em qualquer que seja o seu mail.info está definido no arquivo syslog.conf.
Outra sugestão é instalar a extensão suhosin php para apertar as brechas no PHP, a menos que você esteja rodando Debian ou Ubuntu onde este já é o padrão.