Consegui resolver isso fazendo isso:
<Directory "/path/to/maindirectory">
[... auth stuff ... ]
</Directory>
<Directory "/path/to/mysubdirectory">
Allow from All
Satisfy Any
</Directory>
NÃO use os Locais, porque eles precisam diferenciar maiúsculas de minúsculas e não atuam no acesso real à pasta, mas apenas no URL.
Então, por exemplo, se eu escrever
http:/mywebsite/STUFF
ou
http://mywebsite/stuff
ou
http://mywebsite/StUfF
é diferente para o controle de localização, mesmo que o diretório físico chamado seja o mesmo !!!
Em suma, você verifica o acesso a "coisas" do diretório e eu posso escrevê-lo com um caso diferente.
Além disso, usar o arquivo .htaccess em um único diretório com controle de localização em outros não funcionou para mim.
Espero que ajude.