RegIni.exe atende às suas necessidades? Você pode escrever um script RegIni que altere as permissões e, em seguida, chame RegIni com o script como um parâmetro.
Por exemplo, se você quisesse que apenas administradores tivessem acesso total a essa chave, o script ficaria assim:
HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID{323CA680-C24D-4099-B94D-446DD2D7249E}\ShellFolder [1]
Embora presumivelmente você também queira conceder ao sistema acesso à chave e, talvez, acesso somente leitura a todos os outros, caso em que o sufixo de segurança seria
[1 8 17]
Você pode encontrar os números do sufixo de segurança nesta tabela:
1 - Administrators Full Access
2 - Administrators Read Access
3 - Administrators Read and Write Access
4 - Administrators Read, Write and Delete Access
5 - Creator Full Access
6 - Creator Read and Write Access
7 - World Full Access
8 - World Read Access
9 - World Read and Write Access
10 - World Read, Write and Delete Access
11 - Power Users Full Access
12 - Power Users Read and Write Access
13 - Power Users Read, Write and Delete Access
14 - System Operators Full Access
15 - System Operators Read and Write Access
16 - System Operators Read, Write and Delete Access
17 - System Full Access
18 - System Read and Write Access
19 - System Read Access
20 - Administrators Read, Write and Execute Access
21 - Interactive User Full Access
22 - Interactive User Read and Write Access
23 - Interactive User Read, Write and Delete Access
E escusado será dizer que você deve ter um bom backup antes de jogar com isso pela primeira vez, e talvez praticar em uma chave de registro fictício para evitar acidentes infelizes.