Você realmente não menciona detalhes o suficiente, mas eu não tenho nenhuma preocupação sobre misturar Emulex e QLogic - de fato, em nossos sistemas de alta disponibilidade, faço conscientemente esse tipo de coisa, mesmo com portas Ethernet. A razão é que, se o motorista da placa de um fabricante morre ou desenvolve um bug, o outro driver deve continuar em muitos casos.
Então, não, eu não ficaria preocupado e contanto que você receba os drivers mais recentes, acho que é uma coisa boa.