O arquivo include/generated/autoconf.h é gerado na etapa make prepare . Se você está tentando construir um módulo do kernel, você também precisará da etapa make scripts :
gunzip < /proc/config.gz > .config
make oldconfig
make prepare
make scripts
Normalmente, o kernel é acompanhado por um pacote de cabeçalhos, você já tentou instalá-lo primeiro? Para o CentOS, tente instalar o pacote kernel-devel . Detalhes podem ser encontrados no link