O fato de você não poder desligar um servidor de 2012 quando uma sessão está bloqueada é provavelmente planejado. Eu enfrentei uma necessidade semelhante e não conheço nenhuma alteração de política ou registro para permitir isso.
Eu usei um truque simples: capturei o evento do botão liga / desliga que simplesmente executa o meu shutdown.exe favorito com os parâmetros desejados após um tempo limite.
Se você usar os parâmetros de desligamento corretos, você não será bloqueado por programas abertos.
Para capturar eventos, basta abrir o agendador de tarefas e criar uma tarefa acionada no ID de evento desejado.