Possivelmente, a maneira mais fácil (?) de fazer isso é inicializar um LiveUSB com uma "partição de dados persistente". (Ou, para replicar o efeito você mesmo, em uma jaula chroot: monte uma camada rw sobre uma camada ro). Faça um snapshot do sistema de arquivos rw - que deve ser muito fino após uma inicialização - e execute o seu instalador. Todos os arquivos que ele altera ou cria estarão na partição de sobreposição "dados persistentes" do rw. Mesmo arquivos removidos aparecerão como "magic dotfiles".