Caso você não tenha resolvido isso ainda, eu recentemente lutei com o mesmo problema que rapidamente se transformou em array pendurado a cada 5 minutos por alguns minutos, enquanto o IO aumentava. O Ubuntu, por padrão, usa o agendador CFQ, que não é ideal para o RAID de hardware. Mude o agendador para noop com:
echo noop > /sys/block/<blockdevice>/queue/scheduler
Pessoalmente, estou preso ao kernel antigo, mas me disseram que a atualização para o driver aacraid mais recente deve corrigir o problema - não é possível verificar isso. Mas mesmo assim, mude para noop. Como sysfs não é permanente, você pode querer definir o agendador em /etc/rc.local
ou usar o parâmetro de inicialização elevator=
.
Eu prestaria atenção em outros parâmetros do kernel, assim como as configurações no Ubuntu são padrões razoáveis para a maioria dos hardwares comuns, mas a maioria dos servidores de tempo precisa de atenção especial, independentemente da distro em que você esteja.