Tanto quanto eu sei, ambos são igualmente seguros (leia-se: ambos não têm fraquezas conhecidas, o que é realmente tudo o que você pode dizer). Portanto, não importa qual você escolher.
Até onde sei, a DSA foi introduzida porque a RSA foi patenteada (pelo menos nos EUA), e uma alternativa livre de patentes foi desejada.