Quando sua configuração do nginx usa php_admin_value , php_admin_flag e php_flag está substituindo valores no php.ini. Comentar as configurações do nginx deixará o arquivo php.ini no comando.
Dê uma olhada no arquivo php.ini nas configurações de display_errors , display_startup_errors , error_reporting , html_errors e log_errors . Provavelmente existe um conflito lá.