Se o seu aplicativo exigir autenticação integrada em BeginRequest e AuthenticateRequest, você deverá alterar o pool de aplicativos para o modo clássico.
Se você não confiar na autenticação integrada nesses dois estágios do ciclo de vida da página, poderá continuar ignorando o erro recebido definindo validateIntegratedModeConfiguration como false.
Você também tem a opção de usar appcmd migrar para mover seu aplicativo IIS6 para uma configuração de modo integrado do IIS7.
Mais informações sobre esse comportamento no IIS 7 podem ser encontradas aqui: link