No meu arquivo .gvimrc eu tenho:
set lines=64
set columns=90
para definir o tamanho inicial da janela.
Isto é para o gvim, o GUI vim.
Eu não sei se funciona no console vim também.
Você também pode inserir o comando :scriptnames
. Ele mostrará a lista dos arquivos originados pelo vim na inicialização.
Um desses arquivos pode estar definindo o tamanho da janela que você não gosta. Verifique do último para o primeiro, porque as configurações podem estar em mais de um arquivo.