ls por si só não mostra diretórios ocultos (diretórios e arquivos ocultos são aqueles que começam com . , como .ssh )
Tente usar ls -a no diretório.
Na página de manual do ls:
-a, --all
do not ignore entries starting with .
Como observado nos comentários, diretórios e arquivos "ocultos" não são tecnicamente uma coisa, há apenas código embutido em muitas ferramentas comuns que tratam . e .. com significado especial, o resultado é que . é geralmente considerado "oculto" pela maioria das ferramentas. A razão pela qual eu usei este termo é porque é comum ouvir isso se referir a esse caminho.
Além disso, . e .. geralmente têm um significado especial para a maioria dos sistemas de arquivos, indicando o diretório atual e o diretório pai, respectivamente.