Não dockerize bancos de dados. Os contêineres do Docker devem ser efêmeros e não conter dados. Isso não é apropriado para bancos de dados.
Em particular, não tente fazer o dockerize de um cluster do MongoDB . A configuração para conjuntos de réplica é extremamente stateful e complexa. Você tem que executar muitos comandos em ordem e somente uma vez . Se você perder algum comando ou se um nó falhar, todo o cluster poderá ser bloqueado e você será forçado a começar de novo.
O Docker tem uma ideia própria de como os aplicativos devem se comportar. Seria muito difícil fazer esse trabalho dentro do Docker.
Se você quiser um cluster com três réplicas, deverá obter três instâncias do AWS e configurar o MongoDB nas instâncias. Pesquise mongodb setting up a replica set on <OS>
no Google, que lhe dará um tutorial atualizado.