Os dois domínios não irão interferir uns com os outros na mesma rede. Não haverá confiança estabelecida entre eles, a menos que você estabeleça manualmente um.
O problema do DHCP é um ponto válido e sua possível correção está correta. Você pode distribuir o endereço DNS de um domínio por meio do DHCP e usar um encaminhador para resolver o namespace do outro domínio. Uma correção alternativa seria configurar manualmente a rede para os clientes em um dos domínios e apontar seu DNS manualmente no controlador de domínio correto. Você pode deixar o cliente do outro domínio trabalhando do DHCP.
Temos algumas sub-redes que são usadas para testes internos e têm mais de 5 domínios diferentes sendo executados nelas, sem problemas reais para falar.