A conformidade com vários padrões se tornará impossível, a segurança das redes se tornará mais difícil, um vírus se espalhará com mais facilidade, a qualidade do serviço se tornará mais difícil, as tabelas MAC / CAM ficarão cheias.
Ainda há todo o tipo de problemas em apenas colocar tudo num único balde.
Além disso, não se esqueça que a velocidade nas LANs aumenta, assim como os usos. Especialmente quando se trata do centro de dados. Muitos lugares correm com 50 +% de utilização nos seus troncos. Eu vi alguns que correm mais de 65% constantemente em troncos de 10gig. Diga a essas pessoas para adicionar tráfego desnecessário.
O uso de grandes sub-redes sem nenhuma outra razão além de "you can" é bom quando você é um lugar minúsculo que realmente não precisa de mais de 2 VLANs. Quando você sair do mundo das pequenas empresas, verá que as coisas aumentam bastante a complexidade.
A outra razão óbvia seria impedir o preenchimento das tabelas CAM, o que pode causar indisponibilidade, dependendo da implementação no firmware de como as coisas são tratadas com os preenchimentos da tabela de comutadores.