Tanto quanto eu sei, este problema ocorre com outros terminais com transparência também (como o Terminator) se eles estão configurados para iniciar quando você efetuar login. Se, no entanto, você iniciá-los manualmente (é por isso que funcionou depois que você matou Guake) , esse problema não ocorre.
Para corrigir isso, você pode criar um script simples para iniciar o Guake com um atraso. Crie um arquivo chamado "guake-start.sh" em sua pasta pessoal e cole isto:
#!/bin/bash
sleep 15 && guake
"sleep 15" fará o Guake iniciar com um atraso de 15 segundos. Se 15 não estiver funcionando para você, tente um valor diferente. Em seguida, salve o arquivo e torne-o executável usando o seguinte comando:
chmod +x ~/guake-start.sh
E adicione guake-start.sh aos seus aplicativos de inicialização, em vez do executável normal do Guake.