Remover a declaração de alias
Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
do contexto do servidor e colocá-lo no contexto vhost relevante
<VirtualHost *:80>
ServerName onlyphpmyadmin.domain.com
.
.
.
Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
</VirtualHost>
Pode ser mais fácil e preferível incluir apenas toda a configuração do phpmyadmin no vhost relevante
<VirtualHost *:80>
ServerName onlyphpmyadmin.domain.com
.
.
.
include /path/to/phpmyadmin.conf
</VirtualHost>
e, em seguida, remova essa inclusão do contexto do servidor e reinicie o apache para que as alterações tenham efeito.