É perfeitamente possível que você tenha um arquivo excluído muito grande (ou muitos pequenos) em que um processo ainda possui um identificador de arquivo aberto. A maneira de encontrá-los é executar
# lsof | grep "deleted"
Se você vir muitas linhas que terminam com "(excluído)", você pode encontrar o Id do processo que as abriu e reiniciá-lo. Quando isso acontecer, seu espaço em disco deve retornar.
Se isso não resolver, recomendo um fsck.