Eu adicionaria à sugestão do Process Explorer / Process Monitor - execute o FileMon e o RegMon da Sysinternals também. Você pode filtrar / salvar um log do msiexec e processos relacionados, exportar para um csv e ter uma lista completa de ações para o sistema de arquivos e o registro. Compare / contraste com o que foi gravado no log do Windows Installer também.
Você também pode dar uma olhada no que os Less Msiérables (LessMSI) de Scott Willeke podem fazer por você ...
Use para extrair e alterar guias e / ou conteúdos do MSI, reempacotar, verificar todos os itens no pacote MSI, etc.