Depende de como você configurou suas máquinas virtuais.
Se você tiver suas VMs configuradas para 'Desligar', encerrar o sistema operacional host seria equivalente a extrair a energia das VMs. Se as suas VMs estiverem configuradas dessa forma e você quiser que elas sejam desligadas com segurança, será necessário desligá-las primeiro. Você também pode usar as outras opções como suspender ou desligar o sistema operacional convidado.
Lembre-se de que o desligamento do convidado exige que você tenha inclusões de convidado corretamente instaladas no convidado. Eu acredito que sem eles, você terá o efeito 'desligar', mas não tenho certeza.