É um pouco de sim, sem resposta. Útil em determinadas circunstâncias, mas é um problema menor do que com FAT ou HFS regular. Todos os sistemas de arquivos serão fragmentados, mas os mais novos são mais resistentes à fragmentação.
Falando especificamente no Mac OS X, o HFS + faz um trabalho decente de tentar evitar que as coisas fiquem fragmentadas em comparação com os sistemas mais antigos, mas isso ainda acontece não apenas na mesma escala. O próprio SO também desfragmenta arquivos "pequenos" (20MB ou menores) dinamicamente desde a versão 10.3 (Panther).
A fragmentação ainda acontece e você pode ver a queda de desempenho por causa disso, especialmente em sistemas de edição de vídeo ou em um fluxo de trabalho que exige a capacidade de ler ou gravar arquivos grandes rapidamente no disco. Para o seu usuário padrão - quase sem problemas.
As opções mais populares para desfragmentar um disco rígido para o OS X que usei e encontrei são:
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Clonando o disco rígido para outra unidade e vice-versa. Isso é feito usando Carbon Copy Cloner ou SuperDuper e requer um disco rígido extra. Se feito como parte de uma rotina de backup, o tempo atingido pode não ser terrível, mas é gratuito fazê-lo dessa maneira.
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iDefrag , Drive Genius e um punhado de outros utilitários também desfragmentarão seu disco rígido. Pessoalmente eu prefiro o iDefrag.