O RAID baseado em BIOS é pouco mais que uma versão mais fraca do software RAID, de tudo que eu li e encontrei. Além disso, se o seu mobo é frito, você geralmente tem que substituí-lo por uma mobo semelhante, devido à forma como o BIOS irá formatar os discos para rastrear os volumes. Essa é uma consideração DEFINIDA para a recuperação de dados, já que você não pode simplesmente colocar um disco espelhado em outro sistema e extrair dados dele se o sistema não puder ver os volumes. Também existem problemas que encontrei onde algo vai zapear as informações de configuração do BIOS e depois de uma reinicialização ele não consegue mais encontrar os volumes!
O software RAID no Windows tends tem a reputação de funcionar bem o suficiente para redundância, mas não funciona bem em termos de desempenho, mas a minha pesquisa parece que normalmente é o RAID 5 em software com o Windows que você realmente é um sucesso. RAID de software baseado em Linux é considerado maduro e muito utilizável; frequentemente em paralelo com esquemas de hardware.
Hardware-wise, eu usei alguns tipos de hardware RAID (3Ware e PERC) e eu tive um desastre com ele e algumas situações de salvar seu burro. Hardware RAID normalmente também permite coisas como notificações físicas (luzes e rótulos nas portas) para que você não precise descobrir qual unidade está falhando e eles tendem a manter os mecanismos subjacentes escondidos do sistema operacional, então é menos problemático no a__ para configurar e manter. Alguns cartões como o 3Ware possuem alguns recursos interessantes; Além disso, os cartões de hardware tendem a oferecer o melhor desempenho. Também é bom se eles suportarem hot-swap de unidades, dependendo do cenário de uso do servidor.
Eu acho que na sua situação, depende do que este servidor vai ser usado. Mesmo um RAID relativamente lento com uso leve não é uma desvantagem. Se é algo que está sendo martelado ... servidor de banco de dados, por exemplo, ou servidor de email ocupado ... vá hardware. Se for de uso leve a médio, use o RAID de software do Windows, especialmente se não estiver familiarizado com a versão de hardware.
Mas de um modo geral ... evite o BIOS RAID como a praga de um servidor ou sistema crítico.
De qualquer maneira, certifique-se de ter um plano de recuperação (backup) que permita a recuperação completa do metal ... O RAID não é um backup: -)