Se a modelagem de tráfego não moldar o tráfego corretamente para uploads em shell e ativos (eu acho que pode, mas não tenho certeza), você poderia:
a) executa ssh em duas portas - você pode priorizar uma para transferências de arquivos e outra para trabalhos interativos.
b) limite o total de taxas ssh - o único problema é se você preencher a capacidade de upload do link e o ssh funcionar bem interativamente se você limitar a taxa a algo como 50kbps (isso forçará os usuários a usarem outro protocolo para transferências de arquivos maiores)
c) priorize o tráfego no endereço de origem se você puder
Além disso, a modelagem de tráfego deve tornar o tráfego mais balanceado, de modo que a conexão única não monopolize o link inteiro.
EDITAR: Aqui está um exemplo que usa um script bash. Ele menciona que o ssh realmente define o TOS de interativo para interativo, então presumo que o Wondershaper aproveite isso.
Se você quiser outras opções além do Wondershaper , dê uma olhada em shorewall ou pyshape .
O Shorewall é um equilíbrio bastante maduro e agradável de flexibilidade, poder e simplicidade.