Resposta curta - Se você mesmo não sabe as razões, provavelmente não precisa mudar - basta seguir o que você usa.
O Route53 pode ser mais confiável, mais rápido, ter alguns recursos que ajudam a integrá-lo a outros serviços da AWS, mas você não precisa disso. Se você se importa com a diferença entre 99,9 e 99,7, ou se se preocupa com 100ms vs 150ms, talvez faça sentido comparar os serviços DNS.
Btw, GoDaddy também oferece DNS premium, pago mensalmente. E também há muitos provedores de DNS com preços que variam de grátis a centenas de dólares mensais.
Algumas coisas a serem consideradas ao escolher o provedor de DNS: tempo de atividade real, tempo de atividade do SLA, tempo de resposta (em todo o mundo - onde seus visitantes residem e 24 horas por dia), limites - quantidade de consultas ou número de registros ou TTL mínimo , preço, recursos como DNSSEC, IPv6, DNS dinâmico, recursos de segurança de conta, tipos de registro suportados, geo-DNS ou balanceamento de carga / failover, API etc.etc. - basta olhar para as especificações de vários provedores DNS e você verá quais recursos podem ser diferentes.
Novamente, são todos pequenos detalhes. Quando você dirige para um rally ou opera o twitter.com, você confere cada detalhe. Mas se você dirigir até seu escritório e voltar, não precisa saber se seu motor é de injeção direta ou carburador.