Eu não conheço uma solução "fácil" para o seu problema, mas há uma solução um tanto complicada (dependendo do tipo de dispositivo de raiz).
Se a sua instância tiver uma raiz do EBS, a solução é simples: interrompa a instância, desconecte a unidade EBS, ative outra instância e anexe o volume do EBS a ela. Edite seu arquivo fstab conforme necessário, desconecte o volume do EBS e reconecte-o à instância original.
Se a sua instância tiver uma raiz com suporte a S3 (ou seja, instância-store), a solução será um pouco mais difícil. Você pode baixar os dados da sua AMI (usando ec2-download-bundle ) e, em seguida, extrair esses dados em um único arquivo (usando ec2-unbundle ). Você pode montar a imagem, fazer a alteração necessária e refazer a imagem (com ec2-bundle-vol , substituindo o volume padrão para agrupar com o sinalizador -v). Isso deve dar a você uma AMI nova e viável, idêntica à antiga, exceto pelas modificações feitas. Como alternativa, você poderia copiar o conteúdo do arquivo de imagem para um volume do EBS usando dd - e, em seguida, converter para uma instância de backup raiz do EBS.