Aqui está o que eu uso na tentativa de descobrir problemas como este.
du -s 'ls -a | egrep -v '\.\.'' | sort -nr | head
Ele mostrará o uso por diretório / arquivo no diretório atual. De lá você desce em subdiretórios até encontrar algo óbvio.
Ter tudo em uma partição grande pode dificultar o diagnóstico de problemas como esse. Outra abordagem para tentar é usar
lsof
para ver quais arquivos estão abertos pelos vários processos e veja se você pode encontrar algumas dicas. Isso é muito acertar ou errar embora.