Você pode executar um programa quando ninguém estiver logado, usando o Agendador de Tarefas do Windows. No entanto, se seu aplicativo precisar interagir com um usuário, ele poderá não funcionar exatamente como você deseja.
Confira o On Startup Trigger para mais informações (pode estar em Configuração avançada de uma nova tarefa).
Mais informações aqui: link