Claro que não vai quebrar o AD. O AD é muito escalonável e, embora haja maneiras de corrompê-lo, simplesmente o armazenamento de grandes quantidades de dados não afetará isso. Muitas organizações armazenam fotos junto com outros itens de dados grandes, como chaves de criptografia no AD.
O que acontecerá é que o tráfego de replicação aumentará significativamente (muito ao adicionar as fotos inicialmente e adicionar um pouco a foto de cada usuário à medida que novas pessoas forem contratadas), porque todas as novas fotos adicionadas ao AD terão que ser adicionadas ser replicado. Além disso, o tamanho do banco de dados do AD aumentará. Não é provável que isso seja significativo para qualquer servidor razoavelmente provisionado para uma organização de 3.000. O tamanho máximo da foto armazenada é de 1 MB e, como é suposto ser uma miniatura, o tamanho real deve ser significativamente menor do que isso. Na sua organização, isso representa (bem) menos de 3 GB de dados.
Dito isto, se você executar seus controladores de domínio em quantidades mínimas de disco, você deve garantir que haverá espaço suficiente para os dados (mas se o disco tiver sido provisionado, você também terá problemas ao fazer atualizações do Windows).