Eu sei que este é um tópico antigo, mas acabei de encontrar o mesmo problema. Se você estiver usando o IE8, o problema pode ser sua exibição de compatibilidade. Por padrão, os sites em sua intranet local - mas NÃO localhost - são renderizados na exibição de compatibilidade do IE7. Mais informações aqui:
Infelizmente, isso não ajuda a se livrar da barra de rolagem desativada, mas explica a discrepância.