Parece que você ativou o recurso de sincronização de notas do Tomboy, mas não alterou a pasta de sincronização padrão (que é definida para sua pasta pessoal por padrão).
Para corrigir isso, vá para Editar > Preferências no Tomboy, vá para a guia Sincronização e desmarque a caixa ao lado de "Sincronizar automaticamente em segundo plano ..." ou escolha o botão "Limpar" na parte inferior. A pasta 0 na sua pasta pessoal deve ser uma duplicata (cópia sincronizada) da pasta de notas real, portanto, deve ser seguro excluir. Se você quer estar seguro, você pode tentar renomeá-lo primeiro e ver se suas anotações ainda aparecem no Tomboy.