Eu tive um bom sucesso com a replicação do MySQL e tarballs noturnos. Para bancos de dados menores, o banco de dados mysql e o esquema, eu uso uma combinação de scripts projetados para usar mysqlhotcopy e mysqldump.
O backup hot do InnoDB é um ótimo produto comercial, mas não tenho certeza de como ele lida com tabelas mistas o mesmo banco de dados. A recomendação do pQd para o XtraBackup pode ser boa para comparar com isso.Outros, como os instantâneos do LVM, e eu diria que isso é definitivamente algo a ser considerado. Em última análise, uma combinação de soluções provavelmente seria melhor.
Também é notável que este é um tópico antigo. Entre o livro High Performance MySQL , o MySQL manual , e questões anteriores do ServerFault - isso foi esgotado em uma base geral. Veja: