Acredito que tenha encontrado exatamente o mesmo problema hoje, o nginx envia o pedido para o php-fpm (como indicado no cabeçalho), mas você obtém um 404, mesmo que o arquivo exista e não tenha nenhum erro (PHP / sintaxe) de jeito nenhum, e nenhum erro aparece em qualquer log (ngins ou php-fpm).
Você não incluiu a configuração completa do nginx, mas é possível que você não tenha a opção "root" definida (corretamente?) na seção "servidor"? Você precisa se certificar de que ele aponta para a localização correta ofc e que está dentro da seção "servidor", não dentro de uma "localização", por exemplo:
server {
root /var/www/eman;
location ~ \.php$ {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /var/www/eman/$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}
}