Minha sugestão seria pkg_cutleaves (disponível na coleção de ports), ou pkg-orphan - Ambos fazem a mesma coisa básica (lista pacotes que não são referidos como dependência por nenhum outro pacote, e perguntam o que fazer).
Eu não me incomodaria: as dependências de compilação só precisam ser reconstruídas e reinstaladas quando você atualiza a porta, e geralmente não ocupam grandes quantidades de espaço. Deixá-los não vai te machucar, a menos que seu sistema seja severamente restrito em espaço de disco.