Depende se existe um repositório git ou subversion publicamente disponível disponível. Se assim for, provavelmente faz sentido usar o git para criar uma ramificação do repositório oficial.
Se isso falhar, com alguma sorte, o pacote usa algo como o dpatch ou o quilt, para que você possa manter um patch no debian / patches /.
Se você é realmente azarado, você terá que lidar com a atualização do seu patch toda vez que um novo pacote for lançado à mão. Pode valer a pena usar o git para isso de qualquer maneira e importar cada nova compilação.
Ao criar pacotes debian, certifique-se de ter os pacotes build-essential e devscripts instalados.
Para realmente fazer a alteração, execute
# apt-get source foo
Em seguida, mude para o diretório foo-1.2.3 e faça alterações.
Em seguida, execute
# debuild -us -uc -b
que criará o pacote. Isto irá construir imediatamente ou dizer-lhe as dependências que você precisa instalar primeiro antes de tentar novamente. Os pacotes de compilação vão acabar no diretório acima da fonte.
Eu recomendaria altamente alterar o número da versão do pacote no arquivo debian / changelog, para que você não confunda o pacote criado localmente com o original. Você pode olhar para a ferramenta dch para facilitar a edição deste arquivo.