Você pode alterar a ACL na pasta em questão para que a conta que está executando o executável (provavelmente você ) possa criar, gravar, editar arquivos lá, mas não excluir. Duas questões:
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Você poderia, é claro, causar o travamento do programa
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Você terá que recuperar o controle da pasta depois (apropriar-se, redefinir todas as permissões, etc.) para poder excluir os arquivos