Eu não sei como isso pode afetar alguns aplicativos específicos, mas no meu caso (eu tenho um ATI 4850), executar o Compiz em vez do Metacity foi MUITO MUITO mais rápido. Isso ocorre porque o trabalho de desenho da janela foi feito por GPU em vez de CPU. No entanto, como a GPU está fazendo algo mais do que renderizar coisas no Google Earth, seu desempenho pode diminuir um pouco. É por isso que no Windows quando você abre um jogo, ele desativa transparências e coisas extravagantes.