bem vindo a este site! : -)
O uso de um CNAME não afeta a classificação do mecanismo de pesquisa. É uma prática comum usar um CNAME. Uma maneira clássica de configurar o DNS é ter (nome_do_servidor) .empresa.com e, em seguida, criar (nomes de serviço) .empresa.com como o CNAME apontando para nomes de servidores (onde os nomes de serviço são fx "www").
Se a sua configuração de DNS é particularmente complicada e leva um tempo muito tempo para resolver seus nomes de host DNS, então talvez você possa classificar um pouco menos com serviços como o Google Adwords. O Google AdWords leva em conta a qualidade do site e a velocidade é uma parte disso. Geralmente, as pesquisas de DNS são rápidas, então acho que é altamente improvável que isso seja um problema.