Isso depende do que você quer dizer especificamente.
Claro, você pode instalar ambos os ambientes, os pacotes em si não são mutuamente exclusivos. Você pode começar com um ambiente e poderá executar os programas do outro. Por exemplo, executar programas do KDE com o Gnome não é um problema.
No entanto, apenas um ambiente seria responsável por gerenciar seu desktop.