Sim, você fez isso. O passo de configuração specialize é executado assim que a imagem é inicializada e esse passo de configuração é responsável por gerar o SID da máquina.
Lição aprendida: Uma vez que sua imagem do sysprep for desligada, não a inicie e use-a como seu modelo.
Como Jesus mencionou em sua resposta, máquinas duplicadas SIDS não são um problema em si mesmas, mas se você está se perguntando por que elas existem, é porque você inicializou a imagem e a usou como seu modelo. Se isso lhe diz respeito, crie uma nova imagem de modelo.