Do ponto de vista de um recurso, o Hyper-V Server R2 é essencialmente o mesmo que a função Hyper-V em uma instalação do Windows Server 2008 R2.
Do ponto de vista de "limitações técnicas", usar o servidor Hyper-V é realmente melhor do que usar o Windows Server 2008 R2 Standard. O Hyper-V Server R2 suporta até 1 TB de memória e 8 CPUs (multi-core). O Windows Server 2008 Standard suporta até 32 GB de memória e 4 CPUs (multi-core).
Se você comparar memória / CPUs ao Windows Server 2008 Enterprise ou Datacenter, o Hyper-V começará a ficar um pouco curto. O Enterprise suporta memória de 2 TB e 8 CPUs, o Datacenter suporta CPUs de 2 TB e 64 CPUs.
Eu sei que você disse ignorar o licenciamento - mas o outro grande fator são as licenças de convidado gratuitas incluídas no Windows 2008 Server. Servidor Hyper-V não inclui nenhum. O padrão inclui 1 licença de SO guest gratuita, Enterprise inclui 4 e Datacenter permite ilimitado. É necessário fazer a comparação entre comprar licenças do sistema operacional convidado ou comprar o sistema operacional host "atualizado" e usar as licenças incluídas.