Eu percebo que essa é uma pergunta antiga, mas acabei encontrando a resposta. Depois de separar a imagem nos canais CMYK, você obtém uma imagem .tif com 4 camadas (uma para cada cor). Essa imagem parece invertida porque cada área em que ela é branca / cinza representa uma certa quantidade de ciano, magenta, amarelo ou preto.
Depois de ter isso, basta ir para Image - > Separado - > Exporte e exporte sua imagem como .tif. Isso fará o reempacotamento de sua imagem com o perfil CMYK escolhido e, quando você a visualizar, serão as cores de impressão corretas.
Você também pode usar Imagem - > Separado - > Prova, e selecione o perfil de cor do seu monitor e ele irá gerar uma pré-visualização .tif com todas as cores certas. É um plugin muito legal!