Parece que você está perdendo um índice importante, especialmente porque a consulta sem correspondência está demorando muito mais do que uma consulta com correspondências. Que tipo de consulta é? Talvez você precise de um índice composto? Você está usando where
como parte da consulta?
Eu não sou especialista em MongoDB, mas 80-90 minutos é absolutamente anormal. Eu não sei o que o MongoDB "soa" para a Arenstar, mas foi mostrado que ele lida com bilhões de documentos (terabytes de dados) .